Отделение по клинической патологии имеет следующую структуру:

1. Гистологическая лаборатория
2. Цитологическая лаборатория
3. Секционный зал
4. Гистотека 

В отделении  осуществляются все гистологические и инструментальные  биопсии, а гистологическая диагностика охватывает широкий диапазон заболеваний:
- хирургические; 
- гинекологические;
- бронхолегочные;
- гастроэнтерологические;
- дерматологические;
- оториноларингологические;
- офтальмологические.

Цитологическая лаборатория охватывает пациенты с гинекологическими, хирургическими и бронхолегочными заболеваниями. 

В отделении создана современная иммунологическая лаборатория для определения  рецепторов эстрогенов и прогестерона и рецепторов HER 2 /херцептиновые/  у пациенток, страдающих и оперированных по поводу рака молочной железы. 

Быстрая обработка препаратов, поступивших от различных клиник и отделений  больницы, возможна благодаря современным аппаратам Гистокинет и Криостат. Например, при раке молочной железы и яичника обследование проводится в течение 10 минут после получения материала из операционного блока. Устойчивые образцы ткани /биопсии/ обследуются в течение 24-х часов. 

В отделении работают высококвалифицированные специалисты, осуществляющие диагностическую деятельность на профессиональном уровне.